Emakeele Seltsil on viljakas koostöö Haridus- ja Teadusministeerimi, Eesti Teaduste Akadeemia, Eesti ülikoolide, uurimisasutuste ja teiste Eestis tegutsevate humanitaarseltsidega. Samuti teeme koostööd välismaal tegutsevate eestlaste kogukondadega ja Eesti saatkondadega.
Eesti Keele Instituut www.eki.ee
Eesti Emakeeleõpetajate Selts www.eeselts.edu.ee
Õpetatud Eesti Selts oes.ut.ee
Laurentsiuse Selts www.laurentsiuse-selts
Eesti Keeletoimetajate Liit www.keeletoimetajateli